宁远大捷后，袁崇焕被升为辽东巡抚，驻军锦州，但是宁远大战期间，原本没有完全修好的锦州，又被建虏暴力拆毁了一次。也就是说锦州实际上还不能用来屯住。辽东巡抚袁崇焕现在的驻地还是在宁远，但这不是长久之计，因为这是高第的防区。
自辽阳镇和广宁镇的失陷，大明朝在山海关外的防御体系崩溃。为阻遏后建虏继续南犯，孙承宗带着袁崇焕首先在关外辽西走廊建立了宁远城，然后以宁远城为依托向两边展开，继续建立了一道从山海关、经宁远到锦州的防线。
宁远大战期间，修的不够坚实的锦州等城堡直接被放弃，孙承宗的诸城堡台据点联防的串珠式防线经不起考验。而宁远大捷后，袁崇焕的辽东巡抚驻地被安排到了锦州以作为宁远大战期间袁崇焕不听号令的惩罚。
朽坏不堪的锦州城使袁崇焕丧失了凭坚城死守的依仗，所以袁崇焕很快就向朝廷奏报请旨，集中力量建设锦州城，防御建虏来袭。至于宁远之战中被毁掉的右屯、大小凌河、松山、杏山、塔山、连山等城，以及诸堡台哨所，修筑之事待锦州城修好后再说。
而在袁崇焕上奏的同时，辽东经略高第也上奏修缮山海四城，即山海关、前屯卫、中后所、中右所，另外就是继续加强宁远城。
对于袁崇焕和高第的奏折，朝廷一体同意，下拨银两。于是，从宁远之战结束后的天启六年四月，关宁锦防线，分为南北两段，同时抓紧时间开始施工。从四月开始到七月中旬，经过四个月（天启六年闰六月）的紧张施工，城池算是修好了。不过还没等兵部来人验收，一场突如其来的暴雨下来，又全部垮了。
经略高第上奏：“近日淫雨为灾，山海关城垣倒塌，兵马压伤。宁远、前屯、中后等城修筑者，刚刚修好又坏了。”袁崇焕也上奏了同样的灾情，不过袁崇焕只修了锦州一座城，城况相对较好，所以受灾没那么严重。但袁崇焕请饷毫不客气，因为虽然只修了一座城，但是袁崇焕花的钱可不比高第少，而锦州周边还有大大小小一连串的小城堡要修呢！
对于刚刚修好的城墙一阵暴雨就淋垮了，朝廷倒是没什么想法，而且连袁崇焕和高第的请款都答应了。但是京师日报却又不同意见，抓住城墙被一阵暴雨淋垮这一点大势攻击。
京师日报连篇累牍的评论，询问一阵暴雨就淋垮的城墙，面对建虏来攻城时，如何保证城墙不垮？若是城墙注定要垮，还有和修建的必要。然后又评论，为了修建关外这一堆大大小小的城堡，朝廷已经到了逼汉中百姓暴乱造反的地步了。为何还有贪污如此之甚，造出一阵暴雨就垮的城墙来。
最后，京师日报还除了个馊主意，那就是谁造的城堡谁来守，城堡没造好，就把自己命填进去算了。
因为京师日报的关系，关于辽东军卒贪污腐化严重的现象一下子暴露在所有人的面前。以前大家可以当着不知道，这次被京师日报抓住了痛脚一阵揭露。朝堂诸公是敢怒不敢言，谁这时候说京师日报不好，估计就要被扣上个辽东贪腐同党的帽子了。
在朝野各方的关注之下，最后关宁军丢了几个无名小卒出来，大家算是把这事给揭过去了。
有过城墙垮塌的经历，进行第二期修缮时，各位官老爷们这次用心多了，因为京师日报提到的谁修的城墙谁来守，据说魏公公很是认同，准备率先在山海关等处实行。临近年底，经过近五个月的时间修葺，由于官老爷们用心过问大小事务，山海关、宁远、锦州建城工程总算赶在年前终于通过了兵部的验收。然后袁崇焕尅是集中精力修建锦州周围的右屯、大小凌河、松山、杏山、塔山、连山等城堡。
在此期间，袁崇焕做了一件相当惊人的事。为了集中力量，争取时间，抢修锦州城。
辽东巡抚袁崇焕遣使持书，前往后金议和，目的一是为了和缓同建虏的紧张关系，毕竟袁巡抚顶在面对建虏的第一线，心里还是很紧张的，另一个主要目的当然就是趁着议和的好机会赶紧修城了。这事儿可就大了。因为这是袁巡抚自己下的决定，都没有向朝廷汇报。
要知道，议和自古以来都非同小可，必须经过一方势力的主脑人物同意才能开始谈判的，因为不管议和双方谈出什么结果，没有主子的同意，议和肯定是不成立的。
但袁崇焕作为一线军事指挥官却敢瞒着皇帝和朝廷偷偷地与建虏秘密议和。此事被京师日报爆了出来，当即引爆大明官场。这次袁崇焕犯的可就是实打实的欺君之罪了。
比如兵科给事中就上疏：袁崇焕欺君罔上，私通敌虏，应该派锦衣卫尽快将其认逮捕治罪。
更有人弹劾袁崇焕骄横不法。说袁崇焕在修宁远城的时候，擅自杀掉了一名虚报军卒名册校官，当时袁崇焕不过是一个兵备佥事的职务，就敢擅自在军中开杀戒。骄横不法不法可见一斑。接着又说道现在袁崇焕任辽东巡抚，就敢擅自和建虏议和，连皇上都不放在眼里。将来若是在立大功，或者职务再有提升，是不是就该篡位自己来做皇帝了？
这次是事情实在太大，听说皇上把魏忠贤和田尔耕狠狠的骂了一通，怪他们不作为，这么重大的事，居然是从京师日报上知道的，而锦衣卫的消息到现在还没传回来。
在京师日报爆出袁崇焕遣使议和的当天，袁崇焕就知道自己这次玩大了，当即就向辽东派出使着将吊丧的人手都招回来，同时赶紧飞马向朝廷请罪，辩解称遣使议和只是为了麻痹建虏，为自己修建锦州城争取更多的时间。
私自遣使议和这种事儿，一般人遇上了肯定是玩完。但袁崇焕就是牛，这么大的事儿，硬是没事，随便解释了几句就过关了。实在是锦州那鬼地方满朝文武没一个人想去的，大家也就遮遮掩掩的放了他一马。
朝廷虽然说放了袁崇焕一马，不在追究袁崇焕。但是，终究担心袁崇焕又闹出什么幺蛾子，眼下没机会对袁崇焕下手，于是处罚的对象换成了关宁军。那就是砍掉关宁军的骑兵编制，让关宁军变成名副其实的守家之犬。反正关宁军只是用来守城，要骑兵编制干嘛，浪费粮食吗？留个几骑充当联络信使用就好了嘛。
关宁军的腐败满朝皆知，但从来只有人闹着要核查兵员清册，没有一个人提议过减少饷额。就是因为事关大家的收入，所以满朝文武一致降低自己智商。这次事后，终于有不知名小人物喊出了砍掉骑兵编制的话。虽然马上就被压了下去，还是被皇帝知道了。
以前是孙大学生在辽东督师，天启皇帝不好说什么，现在不过是一个喜欢吹牛的袁崇焕，天启皇帝可不会客气了。
鉴于朝中的气氛，砍掉关宁军编制的事在朝堂上提出来的时候，都没人站出来反对，事情就这么定了下来。
好一部分人因此损失惨重，谁叫议和的使者就是从关宁军出的人呢，出来顶这个锅吧！
虽然袁崇焕给朝廷上奏的辩解说：遣使议和只是为了麻痹建虏，为自己修建锦州城争取更多的时间。但是实际上，锦右地区的风吹草动都瞒不过建虏，因为建虏在这一地区广泛的布有探子、细作。
倒是袁崇焕派过去打探建虏虚实的使者，什么情况都没有打探到。关宁军成军也就这么几年，袁崇焕派过去的又不是经验丰富的夜不收，能打探到消息反过来还要让人怀疑真实性。
袁崇焕没能麻痹建虏，建虏反过来将大明朝廷给骗过去了。